Research progress on cotton genome and biological breeding

棉花是全球重要的经济作物，其基因组复杂、多倍体特性显著，给遗传研究与分子育种带来了挑战。近年来，随着高通量测序、长读长组装、泛基因组学及基因编辑等技术的发展，棉花基因组与生物育种研究取得了突破性进展。本文系统综述了二倍体棉花基因组、陆地棉基因组、海岛棉基因组以及棉花泛基因组、群体遗传学和生物育种技术领域的最新研究进展。二倍体棉花T2T无缺口基因组的完成为解析多倍体棉花演化奠定了基础；现代陆地棉品种从TM-1参考基因组到ZM24、NDM8、中棉113及NDM13的T2T基因组组装，标志着棉花基因组研究进入精准设计时代；海岛棉基因组已完成从草图到高质量参考基因组再到泛基因组的跨越。泛基因组研究揭示了棉花广泛的遗传变异、结构变异及其与重要农艺性状的关联；群体遗传学通过大规模重测序和GWAS鉴定出大量与纤维品质、产量、抗病性相关的位点；而分子标记辅助选择、全基因组选择、CRISPR/Cas9基因编辑及遗传转化技术的优化，为棉花精准育种提供了高效工具。本文旨在为棉花功能基因挖掘和分子设计育种提供系统的理论参考。